Hola @tatocardenas89 yo viajé a Uruguay con el DNI sin problemas, a Colombia fui con el pasaporte, total soy Colombiano así que lo mejor es usar el documento que me identifica como ciudadano.
Entiendo que no deberías tener problema y te van a pedir llenar alguna tarjeta migratoria, pero como nunca lo hice no sé si te van a poner problema, en tal caso podrías llevar ambos documentos y usar el DNI primero, si te ponen problema usá el pasaporte, pero para cual sea tu elección que sea el mismo documento en ida y vuelta.
Creo que para la compra de tiquetes no es un problema, el problema es en migraciones cuando te pidan el documento.
Abrazos.